澳门现有四个国家重点实验室，分别是模拟与混合信号超大规模集成电路国家重点实验室、中药质量研究国家重点实验室、智慧城市物联网国家重点实验室、月球与行星科学国家重点实验室。

模拟与混合信号超大规模集成电路国家重点实验室成立于2010年，由澳门大学组建，是目前粤港澳大湾区唯一一个集成电路国家重点实验室。实验室的主要任务是聚焦纳米集成电路设计领域，为大学、研究机构或合作企业提供先进的纳米集成电路设计的研发技术及行政管理支援。实验室成立以来，通过产学研协同创新模式，持续推动区域技术升级，并围绕国家科技发展规划部署的重点领域和课题，深入开展科研合作。2023-2024年，澳门大学获全球顶级集成电路会议IEEE ISSCC收录的论文数量位列中国高校第一。

中药质量研究国家重点实验室成立于2011年，由澳门大学与澳门科技大学共同组建，北京大学天然药物与仿生药物国家重点实验室为其伙伴实验室，是我国中医药领域成立的首个国家重点实验室，也是澳门第一批国家重点实验室。2020年获得政府专项资助计划建立了诺奖获得者工作站“埃尔文·内尔博士生物物理与创新药物实验室”。实验室成立以来，为澳门中医药产业提供了强大的科研支持，助力澳门形成新的经济增长点。

智慧城市物联网国家重点实验室(SKL-IoTSC)成立于2018年，由澳门大学组建，是全国首个致力于智慧城市物联网领域的国家重点实验室。实验室的核心使命是通过推进基础理论、算法和系统，致力于开发示范性的智慧城市应用，解决智慧城市物联网领域的关键科学与技术挑战，打造具有鲜明本地特色的世界级研究中心。实验室成立以来，研究重点集中在智能传感与网络通信、城市大数据与智能技术、智慧能源、智能交通、城市安全与灾害防治等五个关键领域。

月球与行星科学国家重点实验室成立于2018年，由澳门科技大学组建，是天文与行星科学领域唯一一个国家重点实验室。实验室的成立是国家大力发展深空探测，推动粤港澳大湾区科技创新，提升澳门科技水平的重要举措。实验室的总体目标是面向世界深空探测科学前沿，建成具有国际影响力的行星科学研究中心和国际间行星科学高水平学术交流合作中心。实验室成立以来，开展了多项月球与行星科学的基础研究工作，参与了包括嫦娥系列、天问系列等项目，并取得了一系列重要成果。