1.禅海蠡测（1955）
2.楞严大义今释（1960）
3.楞伽大义今释（1965）
4.禅与道概论（1968）
5.维摩精舍丛书袁焕仙南怀瑾合著（1970）
6.禅话（1973）
7.静坐修道与长生不老（1973）
8.论语别裁（1976）
9.习禅录影（1976）
10.新旧的一代（1977）
11.参禅日记（初集，原名：外婆禅）金满慈著南怀谨批 （1980）
12.参祥日记（续集）金满慈著南怀谨批 （1983）
13.定慧初修袁焕仙南怀瑾合著 （1983）
14.孟子旁通（一） （1984）
15.净名庵诗词拾零.佛门楹联廿一副.金粟轩诗话八讲 （1984）
16.观音菩萨与观音法门（1985）
17.历史的经验（一）（1985）
18.道家、密宗与东方神秘学（1985）
19.中国文化泛言（原名：序集）（1986）
20.历史的经验（二）（1986）
21.禅观正脉（上）（1986）
22.一个学佛者的基本信念——华严经普贤行愿品讲记 （1986）
23.老子他说（上）（1987）
24.中国佛教发展史略述 （1987）
25.中国道教发展史略述 （1987）
26.易经杂说——易经哲学之研究（1987）
27.金粟轩纪年诗初集 （1987）
28.如何修证佛法（1989）
29.易经系传别讲（1991）
30.圆觉经略说（1992）
31.金刚经说什么（1992）
32.药师经的济世观 （1995）
33.原本大学微言（1998）
34.南怀瑾选集（十册合集）（2003）
35.花雨满天 维摩说法 （2005）
36.论语别裁 （2005）
37.答问青壮年参禅者（2005）
38.南怀瑾说佛：现代学佛者修证对话（2007）
39.南怀瑾与彼得.圣吉：关于禅、生命和认知的对话 （2007）
40.庄子諵哗 （2007）
41.人生的起点和终点（2008）
42.小言黄帝内经与生命科学（2008）
43.周易今注今译解二十卦（2009）
44.老子他说 续集（2009）
45.禅与生命的认知初讲（2009）
46.南怀瑾先生答问集（2009）
47.我说参同契（2009）
48.老子他说续集（2010）
49.维摩诘的花雨满天（上下册）（2010）